Ông Ích Khiêm tự Mục Chi, sinh ngày 21 tháng chạp năm Mậu tí (1829) tại làng Phong Lệ Bắc, tổng Thanh Quýt, huyện Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam, nay là làng Phong Lệ, phường Hòa Thọ Đông, quận Cẩm Lệ, thành phố Đà Nẵng. Ông sinh ra và lớn lên trong một gia đình và quê hương có truyền thống hiếu học, thân phụ ông là Ông Ích Điều, làm thơ lại bộ hộ dưới triều vua Thiệu Trị, chú ruột ông Ông Đăng Ngạn đã từng mở trường dạy học tại nhà. Ông Ích Khiêm theo học chú đến khi đỗ cử nhân.